Aquaref, consortium créé en 2007 pour répondre aux besoins de la directive cadre sur l’eau (DCE), est constitué de cinq établissements publics nationaux : Bureau de recherches géologiques et minières (BRGM), Institut français de recherche pour l’exploitation de la mer (Ifremer), Institut national de l'environnement industriel et des risques (Ineris), Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Inrae), Laboratoire national de métrologie et d’essais (LNE). Jouant le rôle de laboratoire national de référence en matière de surveillance des milieux aquatiques, il contribue au système d’information sur l’eau coordonné par l’Office français de la biodiversité (OFB) notamment par la production de guides techniques, en conseillant le ministère de la transition écologique sur des évolutions de textes et en conduisant une action de veille et de recherche. La mission avait pour objectif de mener une évaluation du fonctionnement d’Aquaref. Confirmant la pertinence du dispositif et de ses orientations techniques, elle identifie des points de fragilité notamment sur la gouvernance impliquant insuffisamment la Direction de l’eau et de la biodiversité (DEB), les mécanismes de financement, la place de la recherche et développement (R&D) et les motivations des membres. Elle recommande que le contrat d'objectifs, de moyens et de performance de chaque membre du consortium mentionne sa participation. En termes de gouvernance, elle préconise de renforcer le rôle stratégique et politique de la DEB, au sein notamment du comité stratégique. Une formalisation par la DEB et l’OFB, du besoin de participation d’Aquaref aux groupes de travail européens permettrait à ses experts de mieux intervenir en appui des équipes françaises négociatrices des textes européens et de prévoir une réunion annuelle avec les partenaires et familles d’usagers de la surveillance. S’agissant du milieu marin, il faut veiller à la meilleure coordination de l’action d’Aquaref sur les eaux littorales pour le compte de la DCE et de la directive cadre stratégie pour le milieu marin (DSCMM). Pour clarifier la place de la R&D en général, et des appels à manifestation d’intérêt (AMI) en particulier, la mission recommande au comité stratégique d’Aquaref d’adopter un texte précisant l’implication d’Aquaref à leur gouvernance, leur préparation ou leur mise en œuvre, y compris sur les aspects déontologiques. Sur le plan financier, la mission estime qu’un point d’équilibre consiste à adapter le contrat de coopération avec l’OFB et la subvention de la DEB et d’augmenter cette dernière pour conforter la direction de programme aujourd’hui trop faible et assurer une meilleure présence européenne