L’audit interne des agences de l’eau (AE), mené conformément au programme ministériel d’audit, a porté sur le système des AE élargi à leur tutelle technique : la direction de l’eau et de la biodiversité. Il s’agit du premier audit de ce type depuis la création des agences par la loi sur l’eau de 1964. La mission estime, sur la base de la documentation qu’elle a reçue et des auditions qu’elle a menées, que la participation des agences à la mise en œuvre de la politique de l’eau donne satisfaction, à la hauteur des forts enjeux de cette politique. Leurs instances (comités de bassin et conseils d’administration), et leurs équipes dirigeantes sont motivées et fortement mobilisées. L’audit donne une assurance raisonnable sur les dispositifs de contrôle interne et la capacité des agences et de leur tutelle à maîtriser les risques. Il relève certaines bonnes pratiques. Plusieurs points de vigilance sont néanmoins notés.