Pour transposer la directive « nitrates » adoptée en 1991, la France a délimité les territoires où l’activité agricole contribue à la pollution des eaux par les nitrates et à l’eutrophisation des milieux aquatiques continentaux et marins. Ces territoires constituent les « zones vulnérables ». Elle a également défini des programmes d’actions réglementaires qui s’appliquent dans ces zones vulnérables et sont révisés tous les quatre ans. Les ministères chargés de l’environnement et de l’agriculture ont demandé au Conseil général de l’environnement et du développement durable (CGEDD) et au Conseil général de l’alimentation, de l’agriculture et des espaces ruraux (CGAAER) d’une part d’évaluer la mise en œuvre dans les régions de certaines mesures des programmes d’actions et d’autre part d’identifier les autres facteurs significatifs et conditions de mise en œuvre affectant négativement l’efficacité des programmes d’actions. Un double constat s’impose. (1) Malgré près de vingt-cinq années d’actions, les dynamiques d’amélioration des teneurs en nitrates des eaux superficielles et souterraines semblent marquer le pas dans les zones vulnérables alors que ces teneurs restent éloignées des objectifs à atteindre. Cette relative stabilité d’ensemble cache des situations locales contrastées : des efforts collectifs ont permis des améliorations notables sur certains territoires mais, dans le même temps, des dégradations ont touché d’autres régions. (2) Il y a un déficit d’appropriation des objectifs de la directive « nitrates » et de nombreux acteurs expriment la sensation d’une perte de sens pour cette politique. La mission formule des recommandations pour amender les programmes d’actions et renforcer leur efficacité. Concernant la couverture végétale des sols durant les périodes pluvieuses et les dérogations que les préfets de département peuvent accorder pour faire face à des situations exceptionnelles, la mission recommande de renforcer cette mesure et l’encadrement national des adaptations et dérogations locales. Elle recommande une amélioration du pilotage de la politique conduite avec notamment un renforcement des synergies entre les dispositifs de contrôle, une modernisation du suivi et de l’évaluation avec l’utilisation de sondes à nitrates pour détecter des pollutions ponctuelles, la mobilisation d’images satellitaires pour évaluer la couverture des sols en interculture et la réalisation de mesures de reliquat d’azote minéral dans les sols au début de la période de drainage pour évaluer les risques de pertes d’azote vers les eaux en fonction des pratiques. Ces amendements aux programmes d’actions sont nécessaires mais ne suffiront pas. Pour redonner du sens à l’action, et ce dès les prochains programmes d’actions quadriennaux, il faut replacer la qualité de l’eau au centre des débats, améliorer l’accès aux données sur la qualité des eaux à l’échelle territoriale pertinente pour les acteurs et poursuivre le développement et la mobilisation de connaissances agronomiques. Pour améliorer l’efficacité du dispositif, la mobilisation responsable des acteurs est un levier puissant. La mission recommande deux mutations : (1) une graduation réglementaire au sein des zones vulnérables en fonction de la qualité des eaux, ouvrant des perspectives positives pour les acteurs des territoires et (2) la reconnaissance de l’engagement de collectifs territoriaux sur des objectifs de résultats, comme alternative encadrée aux seules obligations de moyens. Ces mutations impliquent une phase de concertation de toutes les parties prenantes. Elles sont attendues par les acteurs des territoires.