La « LGV Rhin Rhône Est phase 1 » s’inscrit dans un projet plus large consistant à relier le grand Est à la vallée du Rhône et mettre en relation stratégique des territoires européens selon trois branches en étoile à partir de l’Est de Dijon. Lors de sa phase de travaux, le projet (140km de ligne nouvelle) a généré près de 120 M€ de retombées (souvent hors de la sphère locale). La création de la LGV ne semble pas avoir eu d’effet sur l’augmentation globale de la population et pas d’effet mesurable en faveur de la création nette d’entreprises et d’emploi. Améliorant l'accessibilité vers d’autres pôles d’emplois dont Paris, Lyon et la Suisse, elle a contribué à des rééquilibrages internes du grand territoire avec une concentration du tissu d’entreprises en faveur des territoires déjà plus attractifs et des grandes villes (Dijon et Mulhouse surtout) bien reliés à la région capitale, alors que les villes moyennes de Haute Saône perdent des liaisons directes avec la capitale et les pôles régionaux. L’effet de polarisation autour des gares nouvelles a été plus important sur le secteur de Belfort Montbéliard TGV que sur celui de Besançon-Franche-Comté TGV. S’agissant d’environnement, 477 engagements sur près de 300 sites concernent la préservation des ressources en eau, des écosystèmes et de la biodiversité, les usages de l’espace et le cadre de vie. Un management environnemental ambitieux garantit la qualité du bilan. Le bilan LOTI ne traite pas la concurrence avec la LGV Est Européenne. Enfin, la croissance du PIB, a engendré un gain de trafic moins important que prévu. Les facteurs marquants de ce bilan sont donc que la valeur actualisée nette socio-économique (VAN-SE) est passée d’une estimation de - 145M€ lors du dossier d’approbation ministérielle (DAM) à - 2 467M€ en ex post et que le taux de rentabilité interne (TRI) socio-économique est inférieur au ratio de 8 % attendu pour les investissements publics. Différents tests ont été effectués par la mission avec intégration des externalités positives que sont la baisse des rejets de GES, du niveau de bruit, de la pollution atmosphérique, ainsi que l’augmentation de la sécurité, qu’apporte le projet ferroviaire.