L’érosion de la biodiversité, notamment floristique et des habitats, devient source d'inquiétude grandissante pour les pouvoirs publics et les citoyens. Les conservatoires botaniques nationaux (CBN), avec leurs missions liées à la connaissance, à la conservation, à l'expertise, à la formation et à l'information sont des relais indispensables des pouvoirs publics pour évaluer et enrayer ce déclin. La mission s’est tout d’abord attachée à actualiser l’analyse réalisée en 2006-2007 par l’inspection générale de l’environnement, en tenant compte du nouveau contexte institutionnel (Agence française pour la biodiversité, grandes régions) et politique (plan interministériel biodiversité). Elle a auditionné les conservatoires de métropole et de nombreux acteurs et partenaires de ces conservatoires (collectivités, associations, organismes scientifiques et administrations). Au regard des questions posées, la mission considère que la question des statuts des conservatoires botaniques, si elle est importante, n’est pas un préalable et doit être analysée au cas par cas. Elle note avec intérêt la perspective d’évolution du statut du CBN Pyrénées-Midi Pyrénées en établissement public de coopération environnementale (EPCE), dont les enseignements devront être tirés. La responsabilité du pilotage et de l’animation du réseau des conservatoires et le rôle respectif de la direction de l’eau et de la biodiversité (DEB) et de l’Agence française pour la biodiversité (AFB) doivent être clarifiés. Les missions des conservatoires reconnues par la loi méritent d’être précisées de façon à mieux cerner le caractère d’intérêt général de celles-ci. Cette précision est un point de passage obligé pour organiser le financement public dans le respect du droit de la concurrence. La mission a analysé la nature des missions, tant dans le champ marchand que non marchand. Elle a intégré les inquiétudes manifestées tant par les CBN que les partenaires financiers publics et leurs instances de contrôle relatives aux conventions et subventions qui les lient. La mission recommande à la DEB de se faire aider pour la mise en place d’un service d’intérêt économique général pour les conservatoires, en relation avec le secrétariat général des affaires européennes. L’agrément de l’État est unanimement reconnu. Il doit mieux distinguer ce qui relève de la compétence propre à chaque conservatoire, avec un agrément au cahier des charges précisé, une durée allongée à dix ans, et la validation de plans d’action d’une durée de cinq années. Il est urgent d’achever la couverture du territoire national pour des CBN agréés en clarifiant la situation en Normandie et Grand Est, où les réflexions engagées par les acteurs locaux sont suffisamment avancées pour ne pas différer leur création au moment où le partenariat entre l’État et les Régions (avec la création des agences régionale pour la biodiversité, notamment) se renforce. Les CBN devraient bénéficier de cette dynamique pour trouver toute leur place au sein de ce partenariat. La mission a enfin considéré que la question de la validation et de la diffusion des données, si elle a pu constituer une source de tension entre les acteurs locaux et nationaux, devrait désormais trouver une réponse positive avec le nouveau contexte permis par la création de l'Agence française de la biodiversité. La mission s'est enfin livrée à un chiffrage financier des propositions contenues dans son rapport qui se résume a minima au financement au juste coût des missions d'intérêt général actuelles, soit un apport supplémentaire de l’ordre de 2 à 3 M€/an.