La réparation du préjudice écologique sur le plan civil ne donne pas satisfaction. Il faut mobiliser tous les acteurs pour dynamiser cette procédure, notamment les parquets, qui devraient avoir communication obligatoire de toutes les affaires concernant la réparation du préjudice écologique et l’Office français de la biodiversité (OFB) qui doit engager des actions contentieuses sur ce fondement. Le bilan est aussi décevant pour l’action de groupe, monopole des associations qui n’ont pas investi cette voie procédurale. Pour la mission, l’accent doit être mis sur la coordination des services de police administrative et judiciaire, l’adaptation de l’arsenal répressif et la création de juridictions spécialisées. S’agissant de cette coordination, elle recommande d’institutionnaliser des pratiques d’échanges, mais aussi d’envisager l’évolution des structures : au niveau territorial, par la création systématique à l’échelon départemental, d’un comité opérationnel départemental de défense de l’environnement (CODDE), co-présidé par le préfet et un procureur de la République du département pour organiser l’échange des informations utiles, définir des priorités de contrôle et en évaluer les impacts devrait être la première action de l’État ; au niveau national, par la mise en place d’une « équipe projet » conjointe Justice-MTES pour piloter la mise en œuvre des travaux de nomenclature, d’évaluation du droit pénal de l’environnement et du recueil de données quantitatives sur le déroulement des procédures, sous l’égide du commissariat général au développement durable. La création d’une autorité indépendante de protection de l’environnement, en charge de la défense des biens communs dans l’intérêt des générations futures, gardienne de la qualité, la transparence et l'impartialité de l'expertise environnementale, pouvant agir sur saisine citoyenne et disposant d’un pouvoir d’avis, de recommandation et d’injonction est une autre proposition de la mission. S’agissant de l’adaptation des textes, la mission propose diverses mesures, d’ordre réglementaire et législatif. Il serait très souhaitable de regrouper, dans le code pénal, les principales incriminations environnementales, issues du code de l’environnement, du code forestier, du code rural et du code minier au sein d’un nouveau chapitre dédié, intitulé « lutte contre les atteintes aux équilibres écologiques et à l’environnement » et inséré sous le titre consacré aux intérêts fondamentaux de la Nation. La mission suggère un durcissement des incriminations notamment en correctionnalisant les comportements qui relèvent actuellement du domaine contraventionnel et dont les conséquences actuelles et potentielles sur l’environnement revêtent une gravité certaine. La création d’un délit d’atteinte grave ou de mise en péril de l’environnement serait susceptible d’engager plus efficacement l’action pénale. La mission propose la création de juridictions pour l’environnement (JPE), dans chacune des trente-cinq cours d’appel, pour traiter du contentieux, civil et pénal, de l’environnement et de la réparation du préjudice écologique. Les JPE, dotées d’un greffe, bénéficieraient d’un ou plusieurs juristes-assistants et pourraient désigner un garant pour s’assurer de la conformité des remises en état ordonnées. Une formation spécialisée préalable à la prise de fonction devrait être proposée. Des obligations et garanties statutaires devraient être prévues afin d’éviter une trop grande mobilité sur ces postes très spécialisés tout en assurant par ailleurs l’attractivité de la fonction. Le recrutement d’assistants spécialisés relevant du ministère de l’écologie ou des services de police environnementale spécialisée pourrait faciliter ici la spécialisation de ces nouveaux tribunaux et de leurs magistrats. Enfin, parce que la prévention, la répression et la réparation des atteintes à l’environnement revêtent intrinsèquement une dimension internationale, la mission formule des propositions pour agir sur la scène européenne et internationale par le développement de toutes les actions susceptibles de promouvoir la coopération judiciaire et la reconnaissance mutuelle des instruments juridiques mondiaux.