La mission d'évaluation et d'appui s'est articulée en plusieurs étapes méthodologiques, que le rapport restitue en cinq parties. Dans un premier temps, la mission souligne l'enjeu que représente l'expérimentation « Nitrates autrement » au regard du contentieux qui oppose la France et la Commission européenne sur la question des zones vulnérables. Ce facteur explique pour une bonne part les difficultés que la finalisation du cahier des charges de la mise en œuvre pratique de l’expérimentation connaît depuis 2015. La mission propose de réévaluer les objectifs initiaux, en s'attachant notamment à explorer les pistes possibles pour un nouveau dispositif basé sur une « mesure des résultats » davantage que sur un « contrôle des moyens ». Elle dresse le tableau des quatre expérimentations de terrain lancées par la Fédération nationale des syndicats d’exploitants agricoles (FNSEA) dans les départements de la Marne, d'Ille-et-Vilaine, du Maine-et-Loire et des Landes. La mission analyse ensuite les principales mesures de la « boîte à idées » élaborée en 2015 par la FNSEA dans le cadre d'un groupe de travail national. Elle propose de conditionner la poursuite de l’expérimentation à un cahier des charges redéfini et complété, concerté avec les administrations et les financeurs. Il s’agit dès lors de proposer une méthode débouchant sur la mise en place, à titre expérimental d'abord, mais dans la perspective d'une généralisation à terme, d'un système de suivi des nitrates basé sur une mesure des résultats, fiable, universelle, et facilement contrôlable, dans des conditions techniques et économiques acceptables par l’État comme par les organisations professionnelles agricoles (OPA). Le dispositif qui fonctionne depuis plusieurs années en Wallonie, sous l’appellation Nitrawal, fondé sur des mesures de reliquats azotés dans le sol, est une méthode que la mission préconise de tester à titre expérimental. Pour ce faire, trois conditions doivent être préalablement réunies : accorder un droit à l’expérimentation garantissant un régime dérogatoire pour les agriculteurs concernés ; associer les services de l’État et les agences de l'eau à la définition et à la conduite de l'expérimentation ; financer l’expérimentation sur fonds publics. Après avoir exploré plusieurs pistes possibles de financement, la mission recommande que le système de contrôle par l’État d'un dispositif de lutte contre la pollution par les nitrates prenant en compte les principes et acquis du dispositif wallon Nitrawal, s'il devait être adopté par la France, soit financièrement pris en charge par les agences de l'eau. En conclusion, la mission propose de lancer dès 2019 une expérimentation du dispositif « Nitrates autrement » reconfiguré pour une première phase préliminaire de trois ans, suivie d'une seconde phase de test de deux à trois ans permettant de le roder en vraie grandeur sur les territoires d'expérimentation retenus. Au terme de ce délai, l'expérimentation pourrait faire l'objet d'une évaluation débouchant, si elle s'avère concluante, sur la généralisation du dispositif ainsi validé, avec un double objectif : amélioration des résultats dans la lutte contre les nitrates d'origine agricole et simplification administrative.