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L'IGF et le CGEDD ont été chargés par le Gouvernement, en novembre 2017, d'une mission relative aux opérateurs de l'eau et de la biodiversité, ayant notamment vocation à alimenter les réflexions lancées dans le cadre du programme « Action publique 2022 ». Dans ce cadre, la mission a rencontré, auditionné ou reçu les contributions de plus de 200 interlocuteurs et s'est déplacée à Rennes, Chambéry, Douai, Florac, Lyon, Marseille, Metz et Toulouse. Les analyses de la mission l'ont d'abord conduite à constater que les politiques de l'eau et de la biodiversité se sont construites par accumulation d'objectifs, sans se poser la question de l'adéquation des missions et des moyens et sans vision globale, d'où résulte un besoin de mise en cohérence, moins de deux ans après l'adoption de la loi pour la reconquête de la biodiversité. La mission a ensuite procédé à une analyse des financements et des interventions des agences de l'eau, au terme de laquelle elle recommande un recentrage progressif des interventions sur les actions en faveur du « grand cycle », du milieu marin et de la biodiversité, accompagné d'une évolution du système de « redevances » et d'une utilisation plus marquée des outils réglementaires. La mission a également examiné les démarches de mutualisation et d'optimisation mises en oeuvre depuis une dizaines d'années par les opérateurs de l'eau et de la biodiversité. Ses investigations la conduisent à en dresser un bilan critique, à conclure que des gains d'efficience importants restent accessibles au sein de ces opérateurs et à formuler des recommandations en ce sens. Enfin, la mission a retenu trois scénarios globaux d'évolution structurelle de l'organisation en réseau des opérateurs, tout en rappelant que la mise en cohérence des politiques de l'eau et de la biodiversité en constitue un préalable.