La cellule d’expertise, installée le 14 novembre 2017, avait pour mission d’examiner les projets de territoire en cours. Le rapport de la mission est le fruit de la rencontre avec les acteurs de 17 départements des trois bassins du sud de la France, associations, syndicats agricoles et institutions nationales concernés. L’instruction gouvernementale du 4 juin 2015, qui a introduit la notion de projet de territoire, vise à sortir d’une « gestion de crise » pour passer à une gestion structurelle équilibrée de la ressource sur les secteurs les plus en tension quantitative. Sur la soixantaine de projets recensés, moins de 5 sont validés et mis en œuvre. L'exercice du « projet de territoire » s'est imposé parce que l’instruction de 2015 en avait fait un préalable pour l’accès au financement des agences de bassin. La cellule a pu constater qu'il était difficile de réorienter et de reformuler des projets antérieurs à l'instruction pour répondre à ses principes. La conséquence de cette approche « subie » est que, bien souvent, on aura repris sans guère de changements les outils antérieurs, en les « repeignant » aux couleurs d’un projet de territoire, alors qu’il eut été préférable d’aller plus loin dans l’analyse des potentialités de ce nouvel outil. Faute de cette discipline, les défenseurs de l’environnement et aussi d’autres acteurs du territoire pas ou peu associés aux projets ne manquent pas de pointer l’insuffisance d’analyse et de freiner, voire de bloquer le processus. Il y a enfin un enjeu lié au mode de gouvernance et au pilotage des travaux. L’analyse met en évidence : la faiblesse de l’approche économique, la pertinence environnementale des projets, avec la notion de substitution qui fait débat entre acteurs. Trois urgences sont à concilier : la restauration des équilibres quantitatifs en période estivale et le respect du bon fonctionnement des milieux naturels qui en dépendent permettant une répartition équilibrée entre les différents usages ; l'inscription de ces premières réponses dans une logique de long terme  ; la préoccupation de construire les modèles d'une agriculture durable capables de répondre au double enjeu économique et environnemental. Sans cela, l’accélération des effets du changement climatique rendrait illusoires les réponses envisagées aujourd’hui. La faiblesse du volet qualitatif des projets analysés crée une fragilité préoccupante qui peut contrarier la légitimité d'une intervention des agences de l’eau et poser plus globalement la question de l’opportunité d’un financement public. La mission émet des recommandations pour mieux faire connaître la démarche, mieux la faire partager et propose quelques adaptations. Le projet de territoire est un bon outil d’animation locale s’il est bien au service d’une démarche de co-construction, et l’implication des collectivités territoriales est une condition de son succès. Cela conduit la mission à distinguer dans ses propositions, d’une part l’instruction donnée aux agences de l’eau pour conditionner le financement des actions prévues dans un projet de territoire, et d’autre part, un message plus général sous forme de lignes directrices.