La découverte de la bactérie Xylella fastidiosa en Corse en juillet 2015, puis la détection de 354 foyers sur un grand nombre d'espèces végétales, a suscité de vives inquiétudes pour l’avenir de certaines cultures et des milieux naturels dans l'île, passée du statut de zone d'éradication de cette maladie à celui de zone d'enrayement. La mission conjointe du CGEDD et du CGAAER avait pour objectif d'analyser le dispositif de surveillance et de prévention à mettre en place dans le cadre de la stratégie d'enrayement, en prenant compte de la flore sauvage, dans le contexte d’une biodiversité insulaire riche. Afin d'avoir une vision aussi complète que possible, la mission a rencontré un grand nombre d'acteurs de ce dossier. L’organisation de la gouvernance sanitaire en Corse a été examinée, avec notamment le rôle alloué à la Fédération Régionale de lutte et de Défense contre les Organismes Nuisibles (FREDON) ainsi qu’au fonctionnement du Conseil régional d'orientation de la politique sanitaire animale et végétale (CROPSAV). Les échanges avec les chercheurs et les agents de l'ANSES ont montré la rapide et récente progression des connaissances produites concernant Xylella fastidiosa, mais aussi l'ampleur des interrogations qui demeurent. Le rapport présente un état de connaissances sur les caractéristiques de cette bactérie, les modalités de sa dissémination, les relations complexes entre la bactérie, les plantes hôtes, et les insectes vecteurs, les résultats de l'épidémiosurveillance, les risques liés à l’introduction de nouvelles sous-espèces ou à l'hybridation entre les souches, etc. Les recommandations portent notamment sur : la mise en place d’un conseil scientifique auprès du préfet de Corse et de groupes de travail dans le cadre du CROPSAV pour définir un programme de recherches appliquées sur l'identification des résistances variétales et des bonnes pratiques agricoles et phytosanitaires, afin de contribuer à la mise en œuvre de la réglementation dans de bonnes conditions. Les constats réalisés sur la présence et les risques de Xylella fastidiosa pour les milieux naturels, subnaturels et pour les zones agricoles, conduisent à recommander une surveillance biologique intégrée du territoire. L'organisation d'un système de surveillance de longue durée pour les milieux naturels est proposée, ainsi que l’orientation du dispositif global vers la détection précoce de l’introduction possible de sous-espèces. Pour les cultures en zones agricoles, une réflexion pour anticiper « les scénarios du pire » et examiner la gestion de ces situations devra être conduite par les groupes de travail. Pour minimiser le risque d'introduction de nouvelles souches et sous-espèces, la mission recommande, conformément à la réglementation communautaire, la publication d'un arrêté préfectoral concernant la liste des végétaux pouvant bénéficier d'une dérogation à l'interdiction de plantation des plantes hôtes en zone infectée. La mission formule également des recommandations sur : la mise en œuvre pratique des inspections à l'entrée et la sortie des végétaux de Corse ; l’information des voyageurs et du public relative aux risques phytosanitaires induits par les mouvements de végétaux.