Les capitaineries concernées sont celles des 27 ports décentralisés les plus importants. Dans ces ports, l'État exerce directement ses missions régaliennes en s'appuyant sur les personnels des capitaineries qui représentent un effectif de 166 agents (officiers de port (OP), officiers de port adjoint (OPA) et personnels administratifs). La gestion administrative de ce personnel travaillant en horaire continu est complexe et la mission propose de la simplifier. Pour renforcer la sûreté sur les ports et répartir la charge de cette mission dont l'importance est croissante, il est proposé que les autorités portuaires (AP) désignent des agents de sûreté parmi leur personnel ou leur délégataire et pas parmi celui des capitaineries. La mission estime que les relations entre l'État et les AP devraient être mieux explicitées dans des conventions avec chaque AP. Les standards des équipements techniques des ports devraient être définis au niveau central et une doctrine devrait être établie pour déterminer les ports décentralisés devant être classés système de transport maritime conformément au droit international. Une moindre présence physique des capitaineries peut s'envisager pour 5 ports en coeur de nuit, avec la mise en place d'astreintes s'accompagnant de présence physique pour les mouvements de navire. Des renforts en personnel devraient être organisés chaque été pour 3 ports corses. Les capitaineries de 6 groupes de ports pourraient être mutualisées. Les mesures proposées devraient permettre de clarifier et simplifier les relations entre les AP et l'État, de définir des standards pour les matériels techniques et faciliter leurs renouvellements, de mieux former le personnel et d'optimiser les ressources en personnel sans réduire le service.