Ce bilan permet de tirer les principaux enseignements suivants. Les audits sont utiles aux services déconcentrés. Ils les aident à réfléchir à leur organisation, leur pilotage et leurs relations entre services et avec les établissements publics. Les audits ne permettent, en revanche, ni d’évaluer le risque de contentieux européen dans la mise en oeuvre des directives dans leur champ thématique, ni de réfléchir finement à l’efficacité des politiques de l’eau et de la biodiversité. Les questions remontées des services locaux au niveau central restent trop souvent sans réponse. Les changements apportés par la loi relative à la nouvelle organisation territoriale de la République, par celle relative à la modernisation de l’action publique territoriale et l’affirmation des métropoles et par le projet de loi pour la reconquête de la biodiversité, de la nature et des paysages amènent à suggérer une refonte du référentiel d’audit. Le rapport trace quelques pistes pour élaborer une première note de propositions à débattre avec la direction de l’eau et de la biodiversité pour amorcer une réflexion collaborative. La proposition la plus innovante concerne l’association des régions à l’élaboration de ce nouveau référentiel, prenant en compte l’effet de leurs nouvelles responsabilités en matière de biodiversité.