L'enquête budgétaire portant sur les trois exercices 2013-2015, les visites et les travaux menés par la mission conduisent les rapporteurs à formuler 15 recommandations qui concerncnt l'État : la DGITM, les grands ports maritimes et le GIE Dragages-Ports. Celles-ci conduisent à proposer l'usage d'une clef de répartition entre les grands ports maritimes de la dotation de l'État affectée aux travaux de dragage, d'entretien et d'exploitation de certains ouvrages mixte pour une moitié au prorata des charges nettes acceptées et pour l'autre moitié en fonction du ratio Reste à charge final / Chiffre d'affaires. La mission recommande en définitive que cette clef soit considérée comme un objectif pour 2018, et fasse l'objet d'une évolution linéaire sur trois ans par rapport à la clef actuelle. La mission recommande également que la clef de répartition soit revue tous les trois ans sur la base d'une enquête annuelle dont le cadre a été déterminé.