La présente mission, qui est aussi la troisième sur le sujet s'est attachée à établir à un état des lieux détaillé de la situation (rapport détaillé d'état des lieux) puis formule des propositions (rapport de synthèse et de propositions) pour sortir de la situation de crise actuelle et lever les blocages constatés sur les opérations de rétablissement de la continuité écologique qui concernent des moulins. La mission préconise de renforcer l'approche territoriale avant d'aborder les projets par ouvrage afin de favoriser une vision partagée du cours d'eau à l'échelle du bassin versant. Elle propose une méthode pour définir, de manière objective et concertée, ce qu'est un "moulin patrimonial". L'obtention de cette reconnaissance garantira à ces moulins un traitement "doux" pour restaurer la continuité et justifiera alors que le gain écologique recherché ne soit pas maximal. La mission recommande que l'approche territoriale permette aussi une évaluation objective du potentiel de très petite hydroélectricité et que les projets éventuels de remise en service des seuils soient traités dans le cadre de l'étude de restauration de la continuité. Il y aura lieu alors de privilégier un regroupement des initiatives au sein d'un projet alternatif qui en optimise les performances tout en minimisant l'impact sur les milieux aquatiques. La mission préconise une évolution de la gouvernance ainsi que des financements et propose un certain nombre de réformes de structure, allant dans le sens d'un développement durable.