Cinq ans après la loi du 27 juillet 2010, le rapport dresse un bilan de la situation des différents comités en s'attachant à leurs ressources, moyens et missions, identifie leurs problèmes structurels et propose des améliorations. Il apparaît notamment que l'organisation -de façon distincte selon les secteurs d'activité- doit être revue afin que les structures soient plus robustes financièrement et plus visibles pour jouer pleinement le rôle de corps intermédiaires. Les comités des pêches – excepté l’outre-mer - disposent de ressources non négligeables provenant des cotisations professionnelles et des subventions publiques. Ils sont confrontés à un contexte en pleine mutation. La mission recommande de les renforcer à l'échelon des nouvelles régions et de conforter le comité national, ce qui suppose de modifier la loi. Les comités conchylicoles disposent d'une certaine autonomie financière. Ils sont confrontés à des sujets complexes et qui ont des difficultés à être reconnues. La mission appelle à la désignation d'un coordonnateur national pour les questions sanitaires et zoosanitaires. Le comité national de la conchyliculture (CNC) devrait pour sa part recruter un référent technique sur ces mêmes sujets. Dans le domaine de la pisciculture, le comité interprofessionnel des produits de l'aquaculture (CIPA) doit faire face à un objectif stratégique de développement de l'aquaculture d'eau douce et de l'aquaculture marine. La mise en oeuvre du plan de progrès et du plan Poissons 2020 requiert une mobilisation et une coordination des services de l'État. Le pilotage du suivi de la mise en oeuvre du plan de progrès de la pisciculture en eau douce devra se faire de façon concomitante avec la mise en oeuvre du plan sanitaire.