Les interrogations posées par la lettre de mission portaient notamment sur la gouvernance de la flotte océanographique française (FOF). Il était demandé à la mission d’examiner "des scénarios de gestion et d’utilisation de la flotte différents, permettant des économies significatives ou un déploiement optimisé" et de proposer une "vision prospective ou des scénarios, pour l’adéquation entre le plan d’évolution de la flotte proposé, l’évolution des missions et les perspectives budgétaires". La mission a conduit ses investigations, ses analyses et sa recherche de scénarios possibles sur ces deux problématiques centrales : institutionnelles et financières. La première partie du rapport présente un état des lieux, avec, d’une part une description succincte de la FOF et d’autre part un bilan des évolutions organisationnelles récentes à travers une analyse des forces et fragilités de la TGIR (très grande infrastructure de recherche), de l’UMS (unité mixte de service), du COSS (comité d’orientation stratégique et scientifique) et des deux commissions d’évaluation, la commission nationale de la flotte hauturière (CNFH) et la commission nationale de la flotte côtière (CNFC). La seconde partie s’est attachée à conduire d’abord, une analyse des problématiques des flux financiers, du calcul des coûts complets, du coût de l’armement, et du financement des investissements à prévoir sur une période longue, ensuite, une analyse juridique et institutionnelle de différentes hypothèses d’évolution de la TGIR, progressive ou non, organisant de nouvelles relations entre les organismes. Le mode actuel de gouvernance de la flotte océanographique est complexe et insuffisamment intégré. La création en 2011 d’une unité mixte de service (UMS), bien qu’ayant permis de créer une plate-forme commune d’échanges entre les gestionnaires de la flotte, ne donne pas entière satisfaction. La mission préconise : d’ adosser la flotte océanographique à l’lfremer, selon un mode de gestion spécifique ; de lui donner un statut de service à comptabilité distincte (SACD) comme cela existe au sein des universités ; de regrouper tous les armements chez un seul armateur et d’établir une convention d’armement permettant de fixer des règles de gestion claires. Enfin, les capacités de la flotte doivent être redimensionnées à la baisse et optimisées. Le plan d’évolution de la FOF doit être redéfini en intégrant un montage financier réaliste et multipartenarial, avec une part d’autofinancement procurée par les économies de gestion à réaliser.