Le contexte de cette mission a été marqué par la taille du bassin (20% du territoire), les disparités entre ses sous-bassins et une situation tendue entre les agriculteurs, les associations de protection de la nature et les services de l’État. La mission formule 26 recommandations. Avec les orientations stratégiques proposées, elles ont vocation à constituer la base d’un plan d’actions et à s’inscrire dans le contexte de l’adaptation de l’agriculture au changement climatique. S’agissant des protocoles de 2011, des retards ont été pris dans l’application de leurs dispositions. Ils ont fixé des volumes prélevables excessifs et maintenu une gestion dérogatoire. De nombreux projets de retenues de substitution envisagés dans les protocoles ne seront que partiellement réalisés d’ici 2021. Le volume pouvant être prélevé à cette échéance se situera en dessous de la valeur résultant de l’application des protocoles. La mission recommande de concentrer et de fédérer les efforts sur un nombre restreint de projets ayant de meilleures chances d’aboutir au regard des exigences d’insertion environnementale et d’acceptabilité sociale. Elle préconise de diligenter les études ou inventaires pour conforter les calculs de volumes prélevables et de relancer l’élaboration de programmes d’économies d’eau et d’évolution des pratiques agricoles. Le risque de contentieux soulevé par la Commission européenne conduit à éviter que le prochain schéma directeur d’aménagement et de gestion des eaux (SDAGE) 2016-2021 vise ces protocoles. La mission suggère de faire le point en 2018 et d’examiner alors les mesures à prendre. Elle estime par ailleurs que la loi relative à la transition énergétique pour la croissance verte du 17 août 2015 au travers de ses articles 116 et suivants relatifs aux concessions hydroélectriques ouvre des perspectives pour renforcer la ressource mobilisable. A long terme, la mission juge irréaliste d’envisager un statu quo de la gestion quantitative de l’eau en Adour-Garonne et considère comme inéluctable une adaptation au changement climatique grâce, d'une part, à une réduction équilibrée des débits d'objectifs d'étiage et des volumes prélevables, d'autre part à une évolution des pratiques agricoles.