Suite à des mortalités piscicoles à répétition sur la Loue et les rivières comtoises, les acteurs de ces territoires ont engagé une démarche collective de reconquête. L'excellence environnementale passe par un travail de mise en place d'un label décliné dans chaque secteur d'activité. Il devrait déboucher sur des cahiers des charges par filière. Pour coordonner les engagements, il est proposé la création d'un établissement public d'aménagement et de gestion des eaux, voire de plusieurs. Des mesures pratiques sont proposées, classées en trois catégories : préserver les eaux des substances indésirables, préserver le fonctionnement des écosystèmes aquatiques, faire adhérer à l'excellence environnementale. Une série de mesures nouvelles concerne les systèmes d'assainissement au sens large qui seront optimisés sur toute leur chaîne. Des encouragements forts seront adressés aux élus et aux acteurs économiques pour proposer des procédures de gestion et de production qui respectent la biodiversité et diminuent, voire suppriment, tout rejet de polluants et substances toxiques. Des actions sont prévues également pour faire comprendre et faire savoir quels sont les enjeux de l'excellence environnementale pour le territoire. La surveillance des écosystèmes et la mesure des pressions qu'ils subissent doivent être renforcées. Les données doivent pouvoir être facilement accessibles sous une forme structurée et cartographiée. Le pôle karst sera un acteur majeur de la production et la diffusion des connaissances. Il recueillera et publiera les données sous la forme d'un observatoire auquel les producteurs de données seront encouragés vivement à contribuer. Il animera un programme de recherches qui sera supervisé par un conseil scientifique indépendant.