La gestion de la RNMR a été confiée en 2007 à un GIP qui a su conduire d'importantes actions visant à mieux connaître, faire découvrir au public, surveiller et protéger l'espace maritime concerné. Le fonctionnement du GIP s'est dégradé du fait de tensions au sein de son conseil d'administration dues aux visions divergentes sur ses objectifs et son action. Les élus et les usagers estiment qu'il ne met pas assez d'énergie dans l'accompagnement des initiatives sociales, sportives ou commerciales. Le morcellement des zones et la complexité de la réglementation sont unanimement dénoncés. La mission observe que le GIP n'a pas de pouvoir pour réduire les pollutions issues de son bassin versant. Elle préconise l'élaboration d'une feuille de route entre les membres du GIP, avec trois axes: mise en oeuvre d'actions de court terme, modification de la convention constitutive du GIP, ouverture à moyen terme d'une concertation pour redéfinir la gouvernance globale. Elle met en avant l'option d'un parc naturel marin, adossé à l'Agence des aires marines protégées qui apporterait appui et moyens. S'agissant du balisage maritime, la mission estime qu'il joue un rôle important d'identification visuelle et contribue à l'information sur les régies de police. L'État a mis en place un balisage maritime imposant, aujourd'hui dégradé. La mission propose une division par deux du budget d'entretien en créant un ensemble d'applications numériques de géolocalisation embarquées, en réduisant le nombre et le coût de bouées complétées par des amers à terre.