Le réseau Natura 2000 en France vise à assurer le maintien ou le rétablissement, dans un état de conservation favorable, des habitats naturels et des espèces d’intérêt communautaire sur environ 12,6 % de la superficie terrestre métropolitaine. Le rapport met en évidence les acquis du modèle français reposant sur l'animation des territoires par des emplois subventionnés et l'implication des collectivités territoriales. Pour mettre en oeuvre son modèle Natura 2000, la France a fait le choix de privilégier une approche contractuelle avec la volonté d’associer l’ensemble des partenaires au plus près du terrain. Des résultats positifs en termes d'état de conservation favorable des espèces et des habitats naturels sont identifiés. Il est nécessaire de porter davantage à la connaissance des décideurs ainsi que du grand public ces premiers résultats. Ceci ne doit pas faire oublier le besoin de disposer d'un réseau de surveillance et d'outils opérationnels pour permettre aux acteurs des sites Natura 2000 d'évaluer l'efficacité de leurs actions. La mission insiste sur le maintien d'une compétence technique naturaliste dans les services de l'Etat et estime nécessaire de passer d'un pilotage par les moyens à un pilotage par les objectifs. Les fonds communautaires ne devraient pas être un facteur limitant pour la période 2014-2020. Le point sensible restera le niveau des crédits apportés par le MEDDE. Le recours aux fonds communautaires nécessite par ailleurs une ingénierie spécialisée. La mission recommande d'améliorer les mécaniques budgétaires et de suivi financier relatives à Natura 2000. Elle a étudié les conséquences de différents scénarios : le statu quo en termes de répartition des compétences, l'évolution vers une compétence et une responsabilité renforcées des Régions et la rupture du cadre contractuel par le renforcement des dispositifs réglementaires. Elle se prononce en faveur du premier des scénarios, tout en recommandant de veiller à la prise en compte du nouveau contexte institutionnel. La place de l'Agence française pour la biodiversité, analysée au regard des attentes des partenaires concernant Natura 2000, fait l'objet de propositions en termes de champs d'intervention possibles.