La France a mis en place un dispositif d'agrément visant à s'assurer de la qualité des prestations des laboratoires pratiquant des analyses dans le domaine de l'eau, qu'elles portent sur la qualité hydrobiologique ou physico-chimique des échantillons, contribuant à la transcription de la directive européenne 2009/90/CE. La mission propose des améliorations des textes réglementaires et recommande de formaliser le rôle de l'Office national de l'eau et des milieux aquatiques (ONEMA) dans la délivrance des agréments. Elle suggère d'introduire la notion d'agrément provisoire, et prône un rapprochement entre le ministère chargé de l'environnement et le ministère chargé de la santé. Elle recommande de porter de 2 ans à 5 ans la durée des agréments, avec un dispositif de contrôle renforcé, ainsi qu'un meilleur partage des informations sur la qualité des prestations des organismes agréés entre les agences de l'eau, les agences régionales de santé (ARS), l'ONEMA et le Comité français d'accréditation (Cofrac). Elle relève l'importance des modalités opératoires du prélèvement des échantillons dans le milieu pour garantir la qualité des mesures et préconise une meilleure prise en compte des incertitudes dans le traitement des données. Enfin, elle recommande de participer aux réflexions sur l'évolution des laboratoires.