A l'issue des travaux de la mission, il apparaît que les solutions devront s'inscrire dans les répartitions de compétence entre l'État et les collectivités décentralisées. Les aspects économiques sont essentiels, il conviendra de s'assurer de la viabilité économique des ensembles portuaires organisés à l'échelle du bassin, et de leur capacité à réaliser les investissements nécessaires à leur développement. La mission a proposé plusieurs scenarii de gouvernance pouvant s'adapter aux contraintes et caractéristiques locales. Le critère fondamental reste celui de la nature juridique des terrains. La mission est favorable au statut d'établissement public mais elle a également retenu le système de concession, qui devra être profondément réformé et qui peut servir de support à une société de gestion régionale de ports intérieurs (SoGerPi). Selon le type de gouvernance retenu, le rôle et la place de VNF seront différents. La mission propose de créer, au sein de VNF, un conseil de développement des ports intérieurs, réunissant des représentants des principaux ports intérieurs publics et privés. des associations professionnelles des transporteurs fluviaux et des chargeurs. Il aura pour objectif de consolider l'expérience acquise en matière de gouvernance des ports intérieurs et de développement du transport fluvial.