La mission a audité le processus indemnitaire dans quatre DREAL et deux directions d'administration centrale, la DGITM et la DRH. La circulaire du 3 août 2012 relative au processus indemnitaire est appréciée des services. Toutefois, l'arrivée tardive des textes indemnitaires n'a pas permis d'effectuer l'exercice d'harmonisation avec sérénité. Les harmonisateurs des coefficients de résultats devraient avoir connaissance des coefficients de fonction des agents. La cotation des postes ne reflète pas toujours leur importance réelle et le niveau des responsabilités exercées par leurs titulaires. Le pilotage indemnitaire gagnerait à être complété par un suivi de l'évolution annuelle de la part "fonction". Il conviendrait de fiabiliser les documents à l'issue de l'harmonisation pour la mise en paye et de mieux formaliser et tracer les contrôles mis en oeuvre dans les services. Cela contribuerait à renforcer la sécurité juridique des décisions prises. La mission propose de supprimer les commissions indemnitaires consultatives dont aucun texte de portée interministérielle ne fonde la légitimité. L'interfaçage des outils informatiques utilisés pour gérer le dispositif avec REHUCIT, le versement au service informatique national et la traçabilité des modifications permettraient de réduire les risques d'erreurs.