La mission devait faire des propositions visant à simplifier les procédures et à améliorer la lisibilité et l'efficacité des mesures relatives à la protection des captages et à la prévention des pollutions diffuses. Le rapport confirme que les dispositions actuelles ne répondent pas suffisamment aux enjeux de qualité de la ressource en eau des captages, de maîtrise des dépenses et d'information du public. La mission formule 20 recommandations, fondées sur une logique de résultats en matière de qualité de l'eau prélevée et poursuivant quatre objectifs: confier aux communes la compétence relative à la prévention des pollutions diffuses; simplifier le dispositif d'ensemble et unifier les procédures de protection des captages au sein du code de la santé publique; le plan d'actions «pollutions diffuses» devrait être intégré dans la déclaration d'utilité publique du captage; doter les collectivités des outils nécessaires pour assumer leurs responsabilités en matière de qualité des eaux; améliorer la gouvernance du dispositif. La mise en oeuvre de la stratégie nécessite des modifications législatives de plusieurs codes, une priorité budgétaire et la désignation d'un délégué interministériel chargé de l'animation et de la coordination.