Le plan de développement de l'agriculture biologique 2008-2012, qui comporte cinq axes (production, structuration de filières, consommation, réglementation, recherche et formation) a donné lieu à la mise en oeuvre d'un grand nombre d'actions par des acteurs variés, spécialisés ou non dans la production biologique.Si globalement les actions prévues ont été réalisées, les objectifs chiffrés n'ont pas été atteints. L'agriculture biologique est cependant sortie de son caractère marginal et a pu atteindre parfois localement un seuil économique significatif. La mission fait des propositions sur les différents axes du plan ; elle s'est également intéressée à sa gouvernance et à son coût, avec une grande difficulté à réunir les éléments financiers correspondants. Afin que l'État ait une vision d'ensemble et actualisée des interventions sur fonds publics, les travaux doivent être poursuivis. L'aide au maintien pourrait être limitée dans le temps, sauf dans les aires d'alimentation de captage où le recours à l'agriculture biologique devrait être accentué. Il est également suggéré d'éclairer les choix des pouvoirs publics par une analyse des conséquences de la montée en puissance de l'agriculture biologique en matière macroéconomique, de dépenses publiques, de comptes extérieurs, de réduction des pollutions.