Si le bilan des dispositions fiscales en vigueur montre qu'elles ne constituent pas un levier efficace et souligne la nécessité d'une refonte globale de la fiscalité du patrimoine naturel, le rapport considère qu'une réforme d'envergure est prématurée et ne saurait être engagée sans avoir au préalable stabilisé les contours de la politique de préservation de la biodiversité et le cadre institutionnel pour sa mise en oeuvre. En revanche, il définit et développe trois principes fondamentaux pour guider la prochaine réforme globale de la fiscalité de la biodiversité. Ils se rapportent à la concentration des ressources locales sur l'échelon territorial le plus pertinent, le traitement de la problématique des grands aménagements à travers d'autres leviers que la fiscalité et le développement d'une fiscalité dissuasive permettant de prévenir les comportements les plus dommageables.