L'autorité environnementale est exercée, au plan déconcentré, par les préfets sur la base d'avis préparés par les DREAL. Le rapport fait apparaître un certain nombre de dysfonctionnements des autorités environnementales en régions, en particulier la confusion, lorsqu'il s'agit de l'État, qui résulte de l'absence de séparation entre l'autorité environnementale et l'autorité décisionnelle. Dans certaines régions, le préfet de région (autorité environnementale) consulte les préfets de département (autorité décisionnelle) sur le projet d'avis élaboré par la DREAL. On observe également dans certaines régions un usage excessif des avis tacites, parfois utilisés en opportunité. Au-delà des propositions visant à remédier à ces dysfonctionnements, le comité permanent recommande la création d'une nouvelle organisation de l'autorité environnementale, nécessitant une modification des textes réglementaires fixant les compétences en matière d'AE, pour mettre en place au niveau régional (ou éventuellement interrégional) une formation collégiale exerçant la compétence d'autorité environnementale, à l'instar de celle du CGEDD.