Le rapport est mené dans le cadre de l'article 52 de la loi de programmation relative à la mise en oeuvre du Grenelle de l'environnement qui prévoit « l'opportunité de créer une instance propre à assurer la protection de l'alerte et de l'expertise afin de garantir la transparence, la méthodologie et la déontologie des expertises ». Après une analyse des pratiques de l'expertise, il formule des recommandations visant à renforcer la qualité et la confiance dans le processus. Il insiste en particulier sur six points : clarifier le rôle de l'expertise et son articulation avec la décision, professionnaliser le processus, développer la transparence et la déontologie, renforcer la participation citoyenne, écarter la création d'une « instance d'appel au fond » et créer un Conseil supérieur de l'évaluation de la déontologie et des bonnes pratiques.