Jadis cantonnées à des espaces remarquables de surface restreinte, protégés par voie réglementaire et pris en charge par des opérateurs spécialisés, les politiques de préservation de la biodiversité couvrent maintenant de vastes territoires, relevant de multiples centres de décisions et impliquant de nombreuses parties prenantes. Or, l'organisation institutionnelle mise en place par l'État n'a pas suivi cette évolution et ne permet plus d'agir avec efficacité. Pour adapter l'organisation aux nouveaux objectifs, les propositions du rapport comportent deux actions principales, à mener conjointement parce que complémentaires, et dont la mise en œuvre nécessitera des modifications législatives. La première consiste à redéfinir le dispositif de préparation concertée des décisions relatives à la biodiversité, la deuxième à constituer, à partir des organismes existants, un établissement unique tête de réseau des opérateurs du secteur.