La loi sur l'eau et les milieux aquatiques (LEMA) du 30 décembre 2006 rénove l'organisation des institutions pour une meilleure efficacité. L'une de ses principales ambitions est l'atteinte des objectifs de la directive cadre européenne de la loi sur l'eau (DCE) d'octobre 2008, en particulier le retour à un bon état écologique des masses d'eau d'ici 2015. En lien direct avec les actions à conduire par les agences pour atteindre cet objectif, l'audit met en lumière les évolutions et les questions qui restent posées sur cinq thèmes. Ces derniers portent sur la réforme des redevances collectées par les agences, la réforme institutionnelle, la restauration des milieux aquatiques, les conventions relatives au traitement des eaux résiduaires urbaines, l'organisation et la gestion des ressources humaines.