La création de l'AFIFT a été décidée lors du comité interministériel d'aménagement et de développement des territoires du 18 décembre 2003 pour financer l'ambitieux programme d'investissement décidé par le Gouvernement. Depuis, sa mission et ses ressources ont sensiblement évolué. Dans son rapport public 2009, la Cour des Comptes préconise sa suppression. Le rapport démontre les apports positifs de l'Agence dans la gestion des projets d'infrastructures. Il préconise son maintien mais avec des prérogatives élargies pour lui donner plus de stabilité et de lisibilité et répondre aux demandes de la Cour des Comptes : des ressources propres pérennes, un Conseil d'administration de haut niveau, des missions de programmation pluriannuelle, de suivi, de choix de financement et d'évaluation des grands investissements.