Créée par la loi du 9 mai 2001, l'agence française de sécurité sanitaire environnementale (AFSSE) est appelée, par l'ordonnance du 1er septembre 2005, à devenir l'AFSSET avec un champ de compétences élargi à la santé dans l'environnement du travail. A cette occasion, le rapport dresse le bilan des méthodes de travail scientifique de l'agence et identifie ses axes de progrès. Le constat met en évidence que les moyens mis à disposition de l'AFSSE pour conduire les expertises n'ont pas été adaptés à ses besoins, au cours des trois premières années de son fonctionnement. Il indique également que les procédures d'expertise, telles qu'elles ont été définies et telles qu'elles sont pratiquées présentent des insuffisances et en donne comme illustration le dossier « téléphone mobile ». Enfin, il met en évidence que l'AFSSE, qui a pour mission de coordonner l'expertise, n'était pas en mesure d'exercer le rôle de « tête de réseau » qui lui était assigné. Suivent vingt recommandations qui ont pour objet de tracer le cadre renouvelé dans lequel l'AFSSET pourrait inscrire sa mission d'expertise, certaines d'entre elles correspondant d'ailleurs aux projets que l'agence compte mettre en place.