Le service annuel 2012 a dû supporter d'importantes modifications d'horaires et de dessertes sur les principaux réseaux, en raison de la conjonction du volume des travaux sur des axes très fréquentés, de la poursuite du cadencement des circulations ferroviaires entrepris au plan national, et de la mise en place du TGV Rhin Rhône. Les difficultés rencontrées en particulier sur deux axes (Atlantique et Transversale Sud) résultent d'un cumul de contraintes simultanées. Le rapport souligne la complexité de deux sujets : l'Ile-de-France et les grandes gares du réseau national. Devant l'ampleur des changements, il met l'accent sur la nécessité d'une communication nationale à caractère stratégique préalable à la mise en service des nouveaux horaires. La mise en place du service annuel 2012 s'est effectuée de manière globalement satisfaisante. Néanmoins, un plan d'action à moyen terme, pour ne pas retrouver année après année les mêmes problèmes, est nécessaire. Pour préparer les prochains services annuels, le rapport recommande aussi d'améliorer le processus de construction technique des horaires et des dessertes, et son calendrier ; la conception du programme des travaux lourds et leur visibilité à moyen terme ; la gestion de la concertation avec les autorités organisatrices et les clients.