Les sections Dijon-Dole et Dole-Bourg-en-Bresse ont été mises en service respectivement en octobre 1994 et en juin 1998. Ensemble, elles totalisent 144 km et s'étendent sur quatre départements : la Côte d'Or, le Jura, la Saône-et-Loire et l'Ain. Concernant le respect des règles de l'art dans la réalisation du bilan, l'avis du CGPC relève l'absence de document de synthèse sur les deux sections et les incohérences qui en découlent. Sur les qualités intrinsèques du projet, les principaux points signalés concernent la sous estimation des coûts et la surestimation des trafics, la rentabilité socio-économique ex post qui prouve le fort intérêt de l'A39 pour la collectivité, la mise en place d'un observatoire économique et écologique par le concessionnaire et, en matière d'effets économiques, une homogénéité avec les autres autoroutes.