Le rapport relève de la première vague d'audits de réforme de l'Etat mis en place en 2005. Il porte sur la mise en place du réseau de sites, dit «réseau Natura 2000», destiné à améliorer la biodiversité en application des directives européennes 79/409/CEE «oiseaux» et 92/43/CEE «habitat-faune-flore». Au moment de l'audit, la France enregistrait un retard important dans la désignation des sites aussi l'enjeu était-il de réduire les risques de pénalités pour non respect de la procédure. Le rapport examine la problématique, les objectifs et les risques encourus pour chacun des 11 processus ou sous-processus identifiés et en déduit des préconisations. Les priorités concernent, en premier, la désignation des sites du réseau, puis le dispositif de conditionnalité des aides à la production agricole, la budgétisation des mesures de conservation et l'évaluation de l'état des habitats et espèces en 2007. Enfin, dans une vision plus prospective, le rapport suggère d'engager une réflexion sur l'intégration de la dynamique d'évolution des espèces et habitats, notamment sous l'effet des changements climatiques.