Les estuaires constituent des territoires à forts enjeux stratégiques pour l'économie et pour l'environnement. La France se doit, dans le respect des engagements internationaux et des directives européennes, de les inscrire dans une stratégie de développement durable. La mission conjointe confiée au Conseil général des ponts et chaussées et à l'Inspection générale de l'environnement fait suite à une précédente mission liée au contentieux communautaire relatif à Natura 2000 et à Port 2000 et se situe dans un esprit de prévention de nouveaux contentieux. Après une définition des territoires estuariens et une présentation des enjeux, le rapport développe les raisons du manque de cadrage stratégique de ces zones : une connaissance scientifique insuffisante du milieu, une sédimentation de plusieurs politiques, une multiplicité d'acteurs et une instabilité des règles administratives. Ce déficit, associé à une absence d'information et de communication constitue un facteur propice aux difficultés de gestion et incitatif au recours. Afin de remédier à cette carence, sans alourdir le dispositif actuel déjà complexe, la mission préconise d'utiliser la gamme des outils existants en les adaptant et émet un ensemble de propositions dans les domaines juridique, technique et stratégique.