Le 18 mars 1999, la Cour de Justice européenne condamnait la France pour insuffisance des mesures prises pour protéger les oiseaux dans l'estuaire de la Seine et pour insuffisance de désignation en zone de protection spéciale. Un premier rapport du 28 octobre 2004 (n° 004333-01) a permis de vérifier l'état d'avancement des engagements pris par la France dans le cadre de ce contentieux et du projet du port autonome du Havre dit Port 2000. Trois ans après, le présent rapport dresse un nouvel état des lieux et des connaissances en tenant compte des divers dysfonctionnements signalés depuis et des nouveaux aménagements projetés dans la Seine. Il traite de la réalisation et des conditions de mise en oeuvre des engagements du gouvernement, de l'état des connaissances et analyse les trois grands projets que sont l'amélioration des accès maritimes du port de Rouen, le prolongement du grand canal du Havre vers l'est et l'affirmation de la réserve naturelle nationale de l'estuaire de la Seine. Constatant le grand nombre d'acteurs interférant entre eux dans un secteur géographique restreint, ses propositions visent en priorité à rétablir le dialogue et à organiser une nouvelle gouvernance.