Le 2ème paquet ferroviaire adopté le 29 avril 2004 comprend une directive sur la sécurité des chemins de fer communautaires. Ce texte dispose notamment que l'autorité de sécurité nationale ne peut pas transférer ses tâches aux gestionnaires d'infrastructures, aux entreprises ferroviaires ou aux entités adjudicatrices, ni les faire effectuer par ceux-ci en vertu d'un contrat. En vue de la transposition en droit français de cette directive, le rapport préconise la création d'une autorité de sécurité nationale de 60 personnes environ. Son statut prendrait la forme d'un établissement public administratif. Parmi les raisons justifiant ce choix, le rapport insiste sur la nécessité de pouvoir recruter, parmi d'autres, des actifs ou de jeunes retraités de la SNCF, de la RATP ou d'un constructeur de matériel ferroviaire. Son financement pour les années 2006 à 2008 reposerait sur un budget annuel de 7 millions d'euros provenant, pour l'essentiel, d'une taxe spécifique assise sur les péages d'infrastructures.